Особое место в решении фундаментальных проблем охраны и изучения Байкала занимает академик В.А. Коптюг, возглавлявший Сибирское отделение РАН. Он был инициатором создания модели территории устойчивого развития Байкальского региона, автором идеи перепрофилирования БЦБК на экологобезопасные технологии. В 1991 году по его инициативе был основан Байкальский институт рационального природопользования, ныне Байкальский институт природопользования СО РАН. В настоящий момент институт возглавляет А.К. Тулохонов.

В 1992 году была создана постоянно действующая Правительственная комиссия по Байкалу, координирующая деятельность по подготовке и реализации «Комплексной программы по обеспечению охраны и рационального использования природных ресурсов бассейна оз. Байкал».

В 1993 году на базе музея Лимнологического института в пос. Листвянка создан Байкальский экологический музей СО РАН, бессменным руководителем которого является В.А. Фиалков.

В 1994 году Правительством РФ утверждена комплексная программа по охране озера Байкал и рациональному использованию природных ресурсов его бассейна.

По причине интенсивного освоения природных ресурсов бассейна Байкала возникла необходимость в его охране от истощения и загрязнения. Для уменьшения отрицательных последствий ученые разработали программу под названием «Сибирь». По ней предусматривается перепрофилирование Байкальского целлюлозно-бумажного комбината, разработка мероприятий по охране воздушной среды от загрязнений, перевод на газовое топливо котельных и ТЭЦ, централизованная очистка промышленных стоков предприятий города Улан-Удэ.

5 декабря 1996 года по решению 20-й сессии Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО, состоявшейся в мексиканском городе Мерида, Байкал был включен в список Участков Мирового природного наследия ЮНЕСКО. Главная цель списка Всемирного наследия — сделать известными и защитить объекты, которые являются уникальными в своём роде. Для этого и из-за стремления к объективности были составлены оценочные критерии. Шесть первых критериев действуют с 1978 года и определяют культурные объекты, природные объекты включаются в список с 2002 года, когда дополнительно появилось четыре природных критерия включения. С 2005 года все 10 критериев объединены в единый список.

Природные критерии:

1. Объект представляет собой природный феномен или пространство исключительной природной красоты и эстетической важности.

2. Объект является выдающимся образцом главных этапов истории земли, в том числе памятником прошлого, символом происходящих геологических процессов в развитии рельефа или символом геоморфических или физиографических особенностей.

3. Объект является выдающимся образцом происходящих экологических или биологических процессов в эволюции и развитии земных, пресноводных, береговых и морских экосистем и растительных и животных сообществ.

4. Объект включает в себя наиболее важную или значительную естественную среду обитания для сохранения в ней биологического многообразия, в том числе исчезающих видов исключительной мировой ценности с точки зрения науки и охраны.

Байкал удовлетворял всем четырем. Из тысяч природных объектов, содержащихся в Списке, чуть больше десятка удовлетворяют четырем критериям. В принятом Комитетом ЮНЕСКО решении отмечалось:

«Озеро Байкал - классический случай участка Всемирного наследия, удовлетворяющий всем четырем природным критериям. Непосредственно сам Байкал является главным объектом номинации. Особенности озера, скрытые в большей степени от глаз водой, представляют собой главную ценность для науки и охраны. Озеро окружают горно-таежные ландшафты и особо охраняемые природные территории, главным образом сохранившиеся в естественном состоянии и представляющие дополнительную ценность. Озеро Байкал - лимнологическое чудо и территория, обладающая следующими превосходными качествами:

Геологическая рифтовая система, которая дала начало озеру Байкал, сформировалась в Мезозойском периоде. Озеро Байкал является самым древним и самым глубоким озером на Земле. Различные тектонические силы все еще продолжают свое действие, о чем свидетельствуют выходы термических потоков с глубин озера.

Эволюция водных организмов, происходившая в течение всего этого длительного периода, привела к образованию уникальной эндемичной флоры и фауны. Озеро Байкал является «Галапагосскими островами России» и представляет исключительную ценность для изучения эволюции.

Живописный ландшафт вокруг байкальской котловины с горными массивами, бореальными лесами, тундрой, озерами, островами и степями обеспечивает исключительно живописное окружение озера Байкал. Байкал – крупнейший резервуар пресной воды на Земле (20% всех мировых запасов), что дополнительно характеризует его как уникальное явление.

Озеро Байкал - одно из наиболее биоразнообразных озер на Земле, в нем обитает 1340 видов животных (745 эндемичны) и 570 видов растений (150 эндемичны). В лесах, окружающих озеро, находится 10 видов растений, занесенных в Красную книгу Международного союза охраны природы, и представлен полный состав типичных бореальных видов».

Ряд объектов Всемирного наследия находится под угрозой уничтожения из-за природных или человеческих факторов, таких как землетрясения, вооружённые конфликты, бесконтрольный туризм и другие. Целью организации является подготовка программы активных действий и мониторинга объекта с целью скорейшего исключения его из списка. Список объектов всемирного наследия под угрозой уничтожения появился вместе с основным списком, однако не все страны испытывают желание номинировать в него объекты, так как включение в список привлекает международное внимание к проблеме.

При включении Байкала в Список всемирного природного наследия руководству России были даны специальные рекомендации:

В сентябре 1998 года в Улан-Удэ и на озере Байкал прошда Международная конференция «Байкал как участок мирового природного наследия: итоги и перспективы международного сотрудничества», где рассматривался широкий круг проблем рационального использования и сохранения этого уникального природного комплекса. В выступлениях участников, среди которых были представители региональных, федеральных и международных организаций, стран Европы, Азии и Америки, неоднократно и с разных позиций затрагивался закон о Байкале.

26 августа 1997 года по инициативе активистов «Байкальской экологической волны» учрежден День Байкала. Его стали отмечать ежегодно в четвертое воскресенье августа.

В 1998 году в районе Ушканьих островов было произведено самое глубокое бурение на Байкале (600 м) с вмороженной в лед платформы. Изучение осадков подтвердило существование озера в течение последних 15 млн лет.

В процессе проведенных по этой программе исследований была получена непрерывная палеоклиматическая запись для Центральной Азии за последние 10 млн лет. Установлено, что в период глобальных оледенений исчезали диатомовые водоросли, озеро было бессточным, а река Селенга пересыхала. При этом Байкал не высыхал – его уровень опускался на 30–50 м от современной отметки и в течение длительного времени оставался постоянным. Изучение полученного керна донных осадков подтвердило существование глубоководного озера в течение последних 15 млн лет. Работы международного коллектива исследователей по проекту «Байкал-бурение» показали, что периодические похолодания, сопровождавшиеся горным оледенением, приводили к существенной перестройке (вплоть до исчезновения жизни) населения водной толщи и дна глубоководной части озера. Полностью вымирали планктонные водоросли и планктонные животные. Только в последние 780 тыс. лет таких периодов насчитывалось девять. Самым резким было похолодание в период 37–11 тыс. лет назад. В этот период жизнь в водной толще и на дне глубоководной части Байкала за пределами 20 м отсутствовала, не было ни рыбы, ни нерпы. Все имеющиеся данные указывают, что водная толща и дно озера за пределами глубин более 20 м были заселены растениями и животными в последние 10 тыс. лет.

В 1999 году специалистами РАН была создана новая, более точная батиметрическая карта озера Байкал, подробно отражающая современные знания о морфологии озера и рельефе его дна.

1 мая 1999 года Президент России Б.Н. Ельцин подписал Федеральный закон «Об охране озера Байкал». Появились правовые основы природохозяйственной деятельности человека вблизи озера и, соответственно, предпосылки для устойчивого развития Байкальского региона. В соответствии с законом, было введено понятие Байкальской природной территории, разделенной на три экологические зоны – центральную, буферную, экозону атмосферного влияния.

В развитие действия принятого закона 6 сентября 2000 года Правительством РФ издано Постановление «Об экологическом зонировании Байкальской природной территории и информировании населения о границах Байкальской природной территории».

В том же году в результате действий природоохранных организаций и экологов на Байкале был остановлен проект глубинного бурения для поисков нефти.

Среди наиболее заметных общественных и научных событий в жизни Прибайкалья за последнее десятилетие следует отметить:

В 2008 году по инициативе Группы компаний «МЕТРОПОЛЬ» учрежден Фонд содействия сохранению озера Байкал. Среди наиболее значимых проектов, реализованных Фондом: