5 июня 2009 года состоялась транспортировка глубоководных обитаемых аппаратов "Мир-1" и "Мир-2" с Иркутского авиаремонтного завода в поселок Никола. ГОА «Мир» заняли свое место на борту судна специального назначения "Метрополия" и готовятся к погружениям в рамках второго сезона научно-исследовательской экспедиции «Миры» на Байкале». Как отметил заместитель руководителя экспедиции «Миры» на Байкале» Сергей Смолицкий, оба аппарата «Мир» успешно перенесли зимовку и находятся в состоянии полной технической готовности к погружениям.

15 июня 2009 года на Южном Байкале, в районе пос. Листвянка (Иркутская обл.) стартовал второй сезон экспедиции «Миры» на Байкале».  У мыса Сытый с борта баржи-носителя «Метрополия» состоялись погружения ГОА «Мир-1» и «Мир-2» в озеро Байкал.
В состав экипажей вошли: ГОА «Мир-1» - зам.директора Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН Николай Римский-Корсаков, директор Байкальского института природопользования СО РАН Арнольд Тулохонов, пилот Виктор Нищета; ГОА «Мир-2» - Председатель Попечительского совета Фонда содействия сохранению озера Байкал Михаил Слипенчук, директор Байкальского музея СО РАН Владимир Фиалков, пилот Евгений Черняев.
В ходе погружений экипажи исследовали состояние дна озера в районе водозабора байкальской воды, провели отбор проб воды и животного мира Байкала. ГОА «Мир-1» погрузился на глубину около 800 м и пробыл под водой 3 ч. Погружение ГОА «Мир-2» происходило на глубину до 650 м и длилось около 4,5 ч.
Затем гидронавты дали пресс-конференцию на борту баржи-носителя «Метрополия», где поделились впечатлениями о прошедших погружениях с многочисленными представителями федеральных и региональных СМИ.
17 июня 2009 года аппараты "Мир" начали работу в новом режиме. Пилот ГОА «Мир-2» Евгений Черняев сообщил, что для сбора научной информации о жизни подводных животных необходимо более продолжительные наблюдения. В частности, некоторые донные обитатели Байкала не попали в ловушки, установленные на «Мирах», именно в силу недостатка времени: животные не успевали адаптироваться к чужеродному объекту.
Для повышения эффективности сбора научной информации было принято решение проводить погружения не двух «Миров» одновременно, как это было в прошлом году, а использовать аппараты попеременно, но с увеличением времени погружения. Для этой цели экспедиционный флот отошел от берега Байкала в районе поселка Листвянка еще накануне для того, чтобы начать погружения аппаратов «Мир» уже в новом режиме. В 10 часов по иркутскому времени в районе поселка Маритуй состоялось погружение ГОА «Мир-1» по главе с пилотом Виктором Нищетой и двумя учеными-лимнологами. Всплытие аппарата состоялось в 16.30. Таким образом, исследовательская работа под водой продолжалась более 6 часов, что, как минимум, вдвое превышает обычное (2-3 часа) время погружений.
Также на глубине 1 323 м был найден и поднят на поверхность утерянный в прошлом году сотрудниками Лимнологического института CTD-зонд - прибор  для непрерывного измерения температуры, солености и прозрачности, а также содержания растворенного кислорода в воде. Как показала проверка зонда, он находится в хорошем состоянии и сможет быть использован в дальнейших исследованиях.
19 июня 2009 года ГОА «Мир-1» совершил погружение в эпицентре прошлогоднего Байкальского землетрясения, сила толчков которого достигала 7 баллов. Было проведено обследование подводных склонов, эскарпов разломов, опробование древних толщ, поиск подводных свежих сейсмодислокаций. Гидронавтами не было обнаружено явных признаков повышенной сейсмической активности – тектонических разломов, выходов термальных вод и газа.
ГОА «Мир-2» совершил погружение у мыса Половинный. Аппарат погрузился на глубину 1 121 м и пробыл под водой около 5 часов.  В ходе погружения был обнаружен доселе неизвестный вид амфипод – ракообразных хищников.

20 июня 2009 года состоялись исследования озера в районе г. Байкальск, в зоне влияния Байкальского целлюлозно-бумажного комбината (БЦБК). Максимальная глубина погружения - 1 045 м. Как отметили участники экспедиции, по сравнению с прошлым годом, когда прошли первые погружения ГОА «Мир» в этом районе, наблюдается значительная положительная динамика в состоянии экосистемы Байкала. Об этом говорит резко увеличившееся количество природных очистителей озера – рачков амфипод и эпишуров.
Было проведено обследование подводных склонов и возвышенностей,  опробование древних толщ, поиск подводных террасовидных поверхностей. Также в ходе погружений были отобраны пробы Fe/Mn корок и конкреций, осадка для определения возраста, воды и сбор биоты для комплексных исследований.
21 июня 2009 года экспедиция перебазировалась из района Муринской банки (восточный берег Байкала) на профилактическую стоянку в район поселка Большие Коты (западный берег), где расположен научно-исследовательский лимнологический стационар.
22 июня 2009 года состоялись погружения в районе больших глубин между падью Черная и падью Жилище. ГОА "Мир-1" опустился на глубину 1 020 м, ГОА "Мир-2" - 1 083 м. Целью погружений являлись: исследования больших скоплений губок на глубинах свыше 400 метров и их отбор для молекулярных анализов; определение концентрации метана в донных отложениях и придонных водах; анализ состава поровых вод; изучение закономерностей распределения и особенностей живых организмов в районе погружений.
В ходе погружений ученые Лимнологического института СО РАН провели изучение глубины распространения живых покоящихся стадий и спор микроводорослей на нескольких разрезах "литораль - глубинная зона" и исследование  состава и скорости осаждения агрегатов «лимнического снега». Также был произведен отбор проб воды придонного слоя для определения содержания растворенных газов и биогенных элементов, анализа флюорисцентных характеристик.
23-24 июня 2009 года в пос. Листвянка (Иркутская обл.) прошла сертификация глубоководных обитаемых аппаратов «Мир». Специалисты немецкой компании Lloyd досконально изучили техническую документацию на «Миры» и баржу-носитель «Метрополия», тщательно проверили работу всей аппаратуры. После этого были подписаны документы, подтверждающие сертификацию обоих ГОА «Мир» и обслуживающего их оборудования для работы в рамках экспедиции.
25 июня 2009 года прошли погружения ГОА "Мир" в районе грязевого вулкана "Маленький", в 18 км от берега. Максимальная глубина погружения составила 1 385 м. Целями погружений являлись исследование  форм рельефа и поиск зон разгрузки. Был произведен отбор проб надосадочной взвеси и поверхностного осадка, образцов представителей животного мира - макрогиктопусов и амфиподов. В ходе визуального обследования вулкана источника извержения обнаружено не было.
Также совместно с участниками экспедиции "Байкальские гидраты 2009", организованной ООО "Газпром ВНИИГАЗ" при поддержке Лимнологического института СО РАН, были проведены исследования газогидратов
29 июня 2009 года прошли погружения ГОА "Мир", пилотируемых Виктором Нищетой и Евгением Черняевым, в проливе Ольхонские ворота и бухте Бегул. Максимальная глубин погружений - 1 170 м. Цели погружений: обследование подводных склонов; опробование кавернозых выходов мраморов;наблюдение за поведением рыб и ракообразных в кавернах; отбор проб коренных пород для изучения их минерального и химического состава; сбор геологических коллекций; отбор воды и сбор биоты для комплексных исследований.
На ГОА "Мир-2" было установлено новое оборудование: три видеокамеры, закрепленные по периметру аппарата и дающие практически полный обзор толщи воды во время погружения. Полученные видеоматериалы будут переданы в Байкальский музей СО РАН в пос. Листвянка и использованы в «иллюминаторах» - мониторах музейной подводной лодки для имитации погружения для посетителей.
1 июля  2009 года погружения ГОА "Мир" проходили в районе грязевого вулкана Санкт-Петербург. Цель погружений - изучение состояния вулкана и отбор проб иловых осадков и грязи для лабораторного исследования их минерального состава.

2 июля 2009 года экспедицией "Миры" на Байкале" было сделано важное научное открытие. Как сообщил вице-президент Фонда содействия сохранению озера Байкал Михаил Борзин, в ходе погружения ГОА "Мир-1" и "Мир-2" в районе грязевого вулкана Санкт-Петербург, впервые в истории обнаружены поля газогидратов, лежащие на поверхности донных осадочных отложений. До этого газогидраты находили только под слоем осадков, на глубине не менее 30-50 см от поверхности дна водоемов. Как заявляют ученые Лимнологического института СО РАН, это уникальное явление, о существовании которого до сих пор науке не было известно.
Вот что рассказал один из участников погружения, заведующий лабораторией гидрологии и гидрофизики Лимнологического института СО РАН Николай Гранин: "Структура грязевого вулкана «Санкт-Петербург» была открыта в 2000 году, а в 2005 году на глубине 1400 метров группа ученых обнаружила газовый факел высотой 900 метров. Вчерашняя экспедиция к газовому факелу долго готовилась, погружение было "прицельным". В районе этого факела и были обнаружены газогидраты". Другой участник погружений Александр Егоров дополнил рассказ коллеги: "Работа длилась около 10 часов. Были отмечены различные структуры выхода газа из толщи осадочных материалов. Газогидрат представляет из себя массивное образование, уходящее в толщу донных осадков".Экипажу ГОА "Мир-2" удалось взять образец газогидратов, но при подъеме он, к сожалению, распался. Тем не менее, удалось получить для лабораторных исследований образцы газа, входящего в состав соединений. Пилот ГОА "Мир-2" Евгений Черняев отметил: "Найденный газогидрат внешне напоминает кусок льда. Нам удалось захватить его манипулятором «Мира», но при поднятии на глубине от 200 до 150 метров наблюдалось явление, визуально похожее на взрыв, когда под воздействием роста температуры и понижения давления на меньших глубинах газогидрат разрушился. Фактически нами найдены большие залежи, можно сказать, - месторождение чистого природного газа".
Практический смысл сделанного открытия Николай Гранин объясняет следующим образом: "Газогидраты в мировом сообществе рассматриваются как перспективная альтернатива современному топливу. Мировые запасы газогидратов содержат больше углеводорода, чем все разведанные на сегодня запасы нефти и газа. Кроме того, газогидрат  - это возобновляемый ресурс. Объемы залежей газогидратов в Байкале ученые оценивают наравне с запасами Ковыктинского месторождения в Иркутской области. Сейчас в Японии и Индии ведутся исследования по поиску и разработке газогидратов. Озеро Байкал, конечно, не является местом для добычи, это – скорее полигон для экологических исследований". "Главный смысл открытия: то, что обнаружено на Байкале, дает возможность изучать процессы мирового океана в своеобразной природной лаборатории", - подчеркнул Александр Егоров.
3 июля 2009 года состоялись погружения ГОА "Мир" в центральной котловине Байкала, в районе Малых Ольхонских ворот, в 2,7 км от берега. На глубине 1 300 м экипажи ГОА "Мир", в состав которых вошли ученые-ихтиологи, провели изучение поведения биоты (амфипод и гамарид) в придонных слоях, закономерностей их концентрации на различных глубинах.
5 июля 2009 года состоялись погружения ГОА «Мир-1» и «Мир-2» в районе мыса Ижимей, где экипажи исследовали самый глубоководный район Центральной котловины Байкала у острова Ольхон. Целью погружений до отметок 1 603 и 1 610 м стали исследования морфологии дна на максимальных глубинах, отбор проб на химический анализ и содержание дейтерия в надосадочных взвесях.

8 июля 2009 года погружения проходили в 8 км от восточного берега Байкала, в районе м. Песчаный. В погружениях принял участие Председатель Совета Федерации РФ Сергей Миронов. Он вошел в состав экипажа ГОА "Мир-2" вместе с Евгением Черняевым и Михаилом Слипенчуком. На глубине около 600 м исследователи провели отбор надосадочных проб грунта, проб воды различных горизонтов и представителей байкальской фауны. На поверхность также были подняты несколько экземпляров железо-марганцевых корок.

10 июля 2009 года экспедиционный флот отправился из порта Турка к точке погружения, которая находится в 14 км от поселка Гремячинск Республики Бурятии. Цель погружения обоих аппаратов на глубину около 800 метров – исследование склона каньона в поисках так называемых железо-марганцевых конкреций. Помимо этого, был проведен отбор планарий и других представителей байкальской фауны. Экипаж ГОА «Мир-1»: пилот Евгений Черняев, Председатель Попечительского совета ФССОБ Михаил Слипенчук и руководитель Росприроднадзора Владимир Кириллов. Второй экипаж, пилотируемый Виктором Нищетой,  впервые в истории экспедиции «Миры» на Байкале» был укомплектован журналистами – представителями информационных партнеров экспедиционного проекта и ФССОБ: корреспондентом газеты «Комсомольская правда» Андреем Моисеенко и корреспондентом БГТРК (Бурятия) Марией Русиной.
12 июля 2009 года состоялись погружения ГОА «Мир-1» и «Мир-2» в районе Академического хребта, расположенного  между островом Ольхон и Ушканьими островами. В погружениях приняли участие Председатель Иркутского научного центра, директор института геохимии, академик М.И.Кузьмин, сотрудник Байкальского института природопользования СО РАН Ю.Башкуев, сотрудники Лимнологического института СО РАН О.Хлыстов и А.Фирсова, пилоты Е.Черняев и В.Нищета.
Целями погружений были: обследование вершины Академического хребта и подводных склонов; опробование древних толщ; отбор проб Fe/Mn корок и конкреций, осадочных пород для определения их возраста, минерального и химического состава; сбор геологических коллекций; отбор воды и сбор биоты для комплексных исследований; отбор надосадочной взвеси и поверхностного осадка.
Академик М.И.Кузьмин так прокомментировал задачи погружений: «Было интересно опуститься на Академическом хребте, посмотреть породы, складывающие его фундамент,  осадочный горизонт мощностью до 1000 метров. Академический хребет интересен еще и тем, что 8-9 млн лет назад он был северным берегом Байкала. В озеро впадала  река Баргузин и, соответственно, постепенно Байкал стал продвигаться на север, и образовалась еще одна котловина – Северная. Подтверждением данного отрезка истории Байкала является то, что мощность осадков в Южной и Центральной котловинах - порядка 8 тыс. метров, а в Северной котловине - 4-5 тыс. метров».
Гидронавты исследовали породы, которые являются основой фундамента Академического хребта. Это, в первую очередь, кристаллические сланцы и гнейсы, которые слагают небольшую, порядка 8-10 км структуру. В данном месте полностью представлены все разновидности этих пород. Это древние породы, возраст которых порядка 2 млрд лет, и которые присутствуют на Байкале практически везде.
Изучив отобранные образцы осадочных пород, железо-марганцевых корок и пр., ученые смогут говорить об истории развития Байкальской системы в течение нескольких миллионов лет,  когда Академический хребет ушел под воду. На изучение отобранных проб, как отметил М.И.Грачев, понадобится около 3-4 месяцев.

В ночь с 14 на 15 июля 2009 года в Баргузинском заливе прошли погружения ГОА «Мир». Максимальная глубина, которой достигли аппараты, составила 1 290 м.
В состав экипажа ГОА «Мир-1» вошли пилот В.Нищета и сотрудники Лимнологического института СО РАН И.Ханаев и Е.Тереза. Аппарат пробыл под водой 10 часов, что является одним из самых длительных погружений за весь ход экспедиции. Вот что рассказал после завершения погружения И. Ханаев:  «Основной нашей целью было наблюдение за миграциями биологических организмов в слое от 0 до 300 метров. Это зона, куда проникают солнечные лучи, которые являются лимитирующим фактором для миграции организмов. То, что бионты осуществляют активную и пассивную миграцию в толще воды, хорошо известно. Но определить фазы, качественный, возрастной и половой состав - это не изучено и не исследовано. Кто первый начинает миграцию, какая у нее скорость, каковы масштабы миграционных путей и какие слои они захватывают, - вот это было важно. Вечером нам не удалось понаблюдать за миграцией, но в утренние часы мы подошли к исследуемым слоям и оказалось, что с наступлением рассвета не все организмы уходят в более низкие водные горизонты».
Экипаж ГОА «Мир-2», в который вошли  пилот Е.Черняев, сотрудник Лимнологического института И.Клименков и представитель Байкальского института природопользования СО РАН С.Бурюхаев, занимался изучением глубины распространения живых покоящихся стадий и спор микроводорослей на нескольких разрезах «литораль-глубинная зона», а также исследовал  состав и скорость осаждения агрегатов «лимнического снега» в разных котловинах озера Байкал. Вот как охарактеризовал итоги погружения И.В.Клименков:  «Отобрали стандартный набор проб. Исследовали адаптацию нервных клеток к различным условиям, в том числе экстремальным: давлению, пониженной температуре, средам с разной насыщенностью химическими веществами. Для нас байкальские рыбы являют в этом отношении чрезвычайно уникальный пример самых разных адаптаций. Ведь байкальская вода - по сути, дистиллят, где наблюдается дефицит различных веществ. С глубины 1 400 метров был поднят бычок. «Миры» дали уникальную возможность достать с такой глубины живой экземпляр, с нервными клетками которого можно теперь проводить различные эксперименты»..
16 июля 2009 года ГОА «Мир» произвели плановые погружения в районе грязевого вулкана Санкт-Петербург. Ровно две недели назад участниками экспедиции здесь были обнаружены уникальные поверхностные поля газогидратов. В погружениях приняли участие специалисты из Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН и Лимнологического института СО РАН.
В ходе погружений впервые удалось поднять со дна образцы газогидратов. По словам ведущего научного сотрудника Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН Александра Егорова, для подъема образцов газогидратов учеными был разработан специальный пробоотборник, сделанный из цинка, позволяющий консервировать и локализовывать газогидрат от изменения термобарических свойств воды при подъеме к поверхности.
Ученые классифицировали основные фазы разложения природного топлива, что является беспрецедентно важным шагом в исследовании перспектив производственной эксплуатации газогидратов в будущем. Большой кусок газогидрата был отколот от возвышенности на дне озера. При помощи манипулятора он был помещен перед камерой, установленной на глубоководном аппарате. Это позволило ученым наблюдать процесс полного разложения газогидрата при его подъеме к поверхности воды. Как заявил Александр Егоров, процесс разложения газогидрата набирает интенсивность с уменьшением глубины погружения. Начиная с отметки 400 метров, этот процесс ускоряется, а при достижении глубины в 100 метров происходит полный распад газогидрата, напоминающий небольшой взрыв.
До сегодняшнего дня разложение газогидратов являлось технологической проблемой, что служило серьезным препятствием для реализации программы производственной эксплуатации газогидратов. В результате предстоящих лабораторных исследований эта проблема может быть решена.
Собранные в ходе экспедиции данные приведут к пересмотру теории формирования газогидратов, в результате чего, по мнению экспертов, могут открыться новые перспективы использования альтернативного природного топлива.
17 июля 2009 года состоялась встреча участников экспедиции «Миры» на Байкале» с группой бурятских школьников, среди которых находились победители Межрегиональной олимпиады по байкаловедению, а также дети из неблагополучных семей, над которыми взято шефство в рамках нового социального проекта.
На  встрече присутствовал статс-секретарь, заместитель министра внутренних дел РФ Н.А.Овчинников. Для всех гостей была организована экскурсия, осмотр судна специального назначения «Метрополия», рассказано об устройстве и особенностях ГОА «Мир». Начальник экспедиции Н.А.Римский-Корсаков провел для детей открытый экологический урок.
В районе поселка Турка состоялось погружение ГОА «Мир-2», в состав экипажа которого вошли: пилот Е.С.Черняев, заместитель министра внутренних дел РФ Н.А.Овчинников, директор Фонда содействия сохранению озера Байкал Б.Д.Цыренов. В ходе погружения (максимальная глубина – 639 м) были отобраны образцы ила, проведены исследования впервые открытых  донных структур.
18 июля 2009 года состоялись погружения ГОА «Мир» в районе Ушканьих островов. В состав экипажей вошли сотрудники Лимнологического института СО РАН и Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН.
20 июля 2009 года прошли погружения в Чивыркуйском заливе. Ушканьи острова и Чивыркуйский залив входят в Забайкальский национальный парк, и при разработке программы погружений были использованы научные рекомендации его руководства.
22 июля 2009 года у мыса Заворотный ГОА «Мир-1» и «Мир-2» совершили погружения в районе мыса Заворотный, в 6,5 км от берега. Перед экипажами аппаратов, в состав которых вошли сотрудники Лимнологического института СО РАН и Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН, стояли следующие задачи: поиск гидротермальной разгрузки; отбор проб грунта и воды; сбор глубоководных губок со склона. Максимальная глубина погружения составила 890 м.
23 июля 2009 года состоялись погружения ГОА «Мир» в бухте Давша (Баргузинский заповедник). В состав экипажа ГОА «Мир-2» вошли пилот Евгений Черняев, Директор Фонда содействия сохранению озера Байкал Баир Цыренов и Исполнительный директор НПФ "Благосостояние» Елена Сухорукова.
25 июля 2009 года экспедиционный флот совершил переход в район Кукуйской гривы.
1 августа 2009 года прошли очередные погружения ГОА «Мир» на Южном Байкале.  В состав экипажа ГОА «Мир-1» вошли премьер-министр России Владимир Путин, Председатель Технического совета Фонда содествия сохранению озера Байкал Анатолий Сагалевич и пилот Виктор Нищета. На ГОА «Мир-2» погружение совершили Председатель Попечительского совета Фонда содействия сохранению озера Байкал Михаил Слипенчук, пилот Евгений Черняев и сотрудник ВГТРК Илья Бернадский.
Погружения продолжались около 4 часов. За это время аппарат «Мир-1» достиг глубины 1 395 м.

На борту судна специального назначения "Метрополия" В.В.Путин рассказал о своих впечатлениях от погружения. "Это особые чувства и особые ощущения. То, что я увидел, впечатляет, потому что уже своими глазами можно увидеть, что такое Байкал во всем его великолепии, во всем его величии", - отметил он.
По словам В.В.Путина, никаких изменений в экологическом состоянии Байкала он не наблюдал. «Но мы будем прислушиваться к предупреждениям экологов. Свою практическую деятельность мы будем строить, исходя из целесообразности, сохраняя природу, но и думая о людях, которые живут здесь и работают", - подчеркнул премьер-министр.
3 августа 2009 года в районе мыса Толстый на юге Байкала состоялись очередные плановые погружения ГОА «Мир». В состав экипажа ГОА «Мир-2» вошли знаменитый российский музыкант и дайвер Андрей Макаревич, представитель ФССОБ в Иркутской области Михаил Щадов и пилот Евгений Черняев. На ГОА «Мир-1» погружение совершили вице-президент Ассоциации полярников Владимир Стругацкий, депутат ЗС Иркутской области Юрий Фалейчик и пилот Виктор Нищета. В 13.00 мск ГОА «Мир-2» был поднят на борт судна специального назначения «Метрополия».
Первый комментарий Андрея Макаревича после завершения погружения: “Сбылась моя детская мечта. Прочитав когда-то про батискаф «Триест», я никогда не оставлял надежды совершить подобное погружение. Было очень интересно. Живность на дне, геологические структуры, - все это впечатляет. Мы поднимались вдоль вертикальной стены с глубины 1400 м до 50 м. Я считаю, что экспедиция «Миры» на Байкале» - очень правильная затея. Может быть, начав с уникального места под названием Байкал, мы все сможем понять уникальность всей нашей планеты».

Вечером Андрей Макаревич дал концерт на борту «Метрополии» для участников экспедиции «Миры» на Байкале».
7 августа 2009 года на северном Байкале, в районе Нижнеангарска, прошли очередные плановые погружения ГОА "Мир". В состав одного из экипажей вошел директор Государственного природного биосферного заповедника "Баргузинский" Геннадий Андреевич Янкус.
С 4 по 11 августа 2009 года были проведены совместные экспедиционные полевые исследования Фонда содействия сохранению озера Байкал и Географического  факультета МГУ им. М.В. Ломоносова. В состав экспедиции под руководством кандидата географических наук, ученого секретаря научно-методического совета по экологии Министерства образования и науки РФ Т.А.Пузановой входило 7 студентов, специализирующихся в области геохимии ландшафтов и гидрохимии рек.  В работе экспедиции приняли участие Председатель Попечительского совета ФССОБ, кандидат географических наук М.В.Слипенчук, вице-президент ФССОБ М.Ю.Борзин, директор ФССОБ Б.Д.Цыренов.
Основной целью проведенных исследований было выявление загрязнения рек в зоне действия Холоднинского полиметаллического месторождения. Для данной цели были отобраны пробы воды и донных отложений из штольневых стоков, рек Тыя, Холодная, Кичера, залива Ангарский Сор. Образцы вод и донных отложений будут проанализированы масс-спектральным с индуктивно-связанной плазмой спектрометром Elan-6100 (Perkin-Elmer, США) во Всероссийском научно-исследовательском институте им. Н.М.Федоровского. Данный анализ определяет более 70 элементов в интервале содержаний от 10(-8) % до n10 % масс в природных и техногенных объектах.

Участники экспедиции также присутствовали при погружениях ГОА «Мир» в районе Нижнеангарска, побывали в эколого-образовательном центре Байкальского института рационального природопользования СО РАН, участвовали в праздновании 35-летия строительства БАМа.
15-16 августа 2009 года завершились двухдневные погружения ГОА «Мир» в районе бухты Фролиха (Северный Байкал). В соответствии с научной программой экспедиции «Миры» на Байкале», в ходе погружений проводились исследования микробных сообществ и бентосных организмов, оценка роли хемосинтеза, молекулярные исследования и поиск новых видов. По словам Члена Научного совета ФССОБ, Директора Байкальского института природопользования, члена-корреспондента РАН А.К.Тулохонова, принимавшего участие в погружениях, были обнаружены поля бактериальных матов. «Этот заповедный  район Северного Байкала оказался уникальным и одним из самых богатых по биоразнообразию микроорганизмов. Нами получены интереснейшие сведения для определения первого трофического звена», - констатировал ученый.
17-20 августа 2009 года состоялись погружения в районе мыса Горевой Утес и Баргузинском заливе. Целями погружений являлись: исследование района естественного выхода нефти; привязка обнаруженных в 2008 г. битумных построек и проведение эксперимента с газовыми гидратами;  отбор проб из битумных построек; исследование углеводородокисляющих бактерий и выделение активных штаммов; оценка биологических сообществ с учетом химического состава построек. В состав экипажей ГОА «Мир-1» и «Мир-2» вошли ученые Байкальского института природопользования СО РАН, Института океанологии им. П.П.Ширшова РАН и Байкальского музея, а также ученый из Норвегии. При подробном исследовании районов нефтепроявлений было обнаружено новое месторождение газогидратов.  
В ходе исследований была открыта еще одна газогидратная постройка (положительная форма рельефа небольших размеров, из которой сочится газ). Учеными были взяты пробы газогидратов.
Еще одна цель экспедиции - поиск газогидратов структуры H. В таких газогидратах содержится не только метан,  но и пропан, бутан и другие газы. Если такая структура будет найдена,  то Байкал станет единственным озером в мире, где есть все газогидратные структуры.
21-22 августа 2009 года погружения проходили в самом глубоководном районе Байкала – у острова Ольхон. Экипаж ГОА «Мир-1» в составе: Председатель Технического совета ФССОБ, Герой России Анатолий Сагалевич; Вице-президент Ассоциации полярников России Владимир Стругацкий; наблюдатель из Швейцарии Фредерик Паулсен -  достиг дна озера в районе максимальных глубин.  Однако о рекордных показателях пока с уверенностью говорить преждевременно, так как данные приборов, рассчитанных на морскую воду, необходимо расшифровать с учетом погрешностей на работу в пресноводной среде. По предварительным данным, отметки 1605 м (1615 м) на этих приборах могут соответствовать отметкам 1630 м (1640 м).  В настоящее время сотрудники экспедиции «Миры» на Байкале» проводят дополнительные расчеты.  
29 августа 2009 года погружения ГОА «Мир» прошли на Южном Байкале, вблизи 90-го км Кругобайкальской железной дороги, т.н. Каторжанки. На глубине около 700 метров были обнаружены остатки вагонов железнодорожного состава предположительно времен Гражданской войны. Пилот ГОА «Мир-2» Евгений Черняев сообщил: «Мы нашли обломки вагона. Вся рама смята. Видно дверцу с окном, а если подниматься выше, то видны части - то ли крыша, то ли боковая обшивка".
Детали конструкций, которые удалось поднять на поверхность, предварительно атрибутированы как обломки железнодорожных вагонов и ящиков начала ХХ века. Поскольку в результате крушения радиус разброса обломков достаточно велик, содержимое перевозимых ящиков обнаружить пока не удалось. Директор Фонда содействия сохранению озера Байкал Баир Цыренов по этому поводу отметил: "Интрига сохраняется, потому что нельзя пока с точностью сказать, есть тут золото Колчака, или его не было никогда. На сегодня этот вопрос остается открытым".
30 августа 2009 года продолжились погружения ГОА «Мир» на Южном Байкале. Несмотря на штормовой ветер, сильную грозу и высокую волну, погружения прошли успешно. У пади Кедровой был обследован район, где на протяжении нескольких веков располагался зимник (ледовая переправа через озеро), по которому перевозили товары российские и иностранные купцы. Параллельно с отбором проб по естественнонаучной программе экспедиции прошли поиски артефактов, относящихся к периоду XVIII-XIX вв.

4 сентября 2009 года Президент Фонда содействия сохранению озера Байкал А.Н.Чилингаров объявил об успешном завершении второго сезона экспедиции "Миры" на Байкале". В период с 15 июня по 30 августа 2009 года было совершено 69 погружений (всего за два сезона - 122), сделан ряд важных научных открытий.
А.Н.Чилингаров подчеркнул значение проведенных с помощью ГОА "Мир" исследований для сохранения экосистемы озера Байкал, развития российской фундаментальной науки. Он сообщил, что будет ходатайствовать перед руководством Российской академии наук о продолжении работы экспедиции "Миры" на Байкале" в 2010 году.
10 сентября 2009 года в Иркутске прошел Круглый стол, посвященный подведению итогов второго сезона Международной научно-исследовательской экспедиции «Миры» на Байкале». Круглый стол, организованный Министерством природных ресурсов и экологии Иркутской области и Фондом содействия сохранению озера Байкал, прошел в рамках форума «Сибнедрапользование» в Иркутском выставочном комплексе «Сибэкспо». В мероприятии приняли участие представители местных властей, ведущие иркутские и бурятские ученые, организаторы и участники экспедиции. С приветственным словом к гостям форума и журналистам обратились Министр природных ресурсов и экологии Иркутской области О.Ю.Гайкова, Депутат ЗС Иркутской области Ю.И.Фалейчик,  Вице-президент ФССОБ М.Ю.Борзин. Собравшимся было зачитано Приветствие  Президента ФССОБ А.Н.Чилингарова, в котором, в частности, говорится: «Очевидно, что нельзя останавливаться на достигнутом. Короткие сезоны погружений дали большой объем информации о Байкале, и, тем не менее, изучение озера Байкал с помощью ГОА "Мир-1" и "Мир-2" показало, что эти работы крайне важно продолжить и в будущем».
Затем с докладами о научных достижениях и организационных особенностях исследований с участием ГОА «Мир» выступили член-корреспондент РАН, директор Байкальского института природопользования СО РАН А.К.Тулохонов, директор ФССОБ Б.Д.Цыренов, Герой России, командир ГОА «Мир» Е.С.Черняев, директор Байкальского музея ИНЦ СО РАН В.А.Фиалков, академик РАН М.И.Кузьмин, Заведующий лабораторией геологии Байкала ЛИН СО РАН О.М.Хлыстов.
По итогам Круглого стола в Иркутске была принята резолюция за подписью руководителей департаментов природопользования Бурятии и Иркутской области, а также представителя руководства Фонда содействия сохранению озера Байкал.